La Communauté Économique et Monétaire de l'Afrique Centrale (CEMAC) a été instituée en 1994  par le Traité, entré en vigueur en 1999. La CEMAC regroupe le Cameroun, le Congo, le Gabon, la Guinée Équatoriale, la République Centrafricaine et le Tchad.

Le Traité de la CEMAC a créé intialement une Cour de Justice communautaire composée de deux chambres : la Chambre de Justice chargée d'assurer le respect du droit dans l'interprétation et dans l'application du Traité et des Conventions subséquentes et la Chambre des comptes chargée du contrôle des comptes de la CEMAC. Aux termes de l'article 2 de la Convention la régissant, la Cour de Justice communautaire " assure le contrôle juridictionnel des activités et de l'exécution budgétaire des institutions de la CEMAC ". Pour ce faire, la Cour de justice exerce un double rôle : juridictionnel et consultatif. La Chambre des Comptes entrée en fonction en 2000, "vérifie les comptes de la Communauté. Elle s'assure et de la bonne gestion financière de celle-ci".

En janvier 2009 est adopté le traité révisé de la CEMAC qui érige la Chambre des comptes de la Cour de Justice de la CEMAC en Cour indépendante. Cette érection est confirmée par la Convention régissant la Cour des comptes communautaire du 30 janvier 2009. C'est le 10 décembre 2018 que la nouvelle Cour des comptes de la CEMAC est installée à N'Djamena au Tchad en remplacement de l'ancienne Chambre des comptes.

En tant que juridiction indépendante, la Cour des comptes de la CEMAC est "chargée du contrôle des finances publiques de la Communauté, notamment du contrôle juridictionnel des comptes des comptables de celle-ci [...] Elle sanctionne les fautes de gestion commises par les ordonnateurs à l'égard des Institutions, Organes et Institutions Spécialisées de la Communauté" (Article 48 du Traité révisé de la CEMAC - 30 janvier 2009)"